1. если нет сомнений в чистоте внутренних органов - то можно и на аппарате. Если неизвестно, как обслуживалась коробка вообще, то лучше со снятием поддона.
2. этот способ называется частичная замена. Таким способом сливается примерно половина от заправочного объёма. Пользоваться методом можно ТОЛЬКО через определённое время после проведения полной замены. Т.е. когда точно знаешь, что и когда было залито в коробку. (Например, я сделал полную замену на прошлой неделе, я теперь точно знаю, что залит декс II, и не дожидаясь предельных сроков замены, через 10 тыс. пробега я планирую сделать частичную замену, обновлю жижу, так сказать). Если не знаешь, что залито в коробке - не экспериментируй: в случае "50/50" может получиться аццкая смесь несовместимых жидкостей, а запороть хондовскую коробку - это как 2 пальца ап асфальт.
3. фильтр поменять желательно, но не обязательно. Если нет возможности поменять его синхронно с заменой масла - почему не поменять его уже после?